De startlocaties van de Mar-athon Sneek verschillen per afstand. Deelnemers aan 21,1 km (Halve Mar-athon) en 7,5 km worden met pendelbussen naar de startlocaties gebracht. Deze startlocaties zijn alleen met de pendelbus bereikbaar, het is niet mogelijk om met eigen vervoer naar deze locaties te komen. Onderweg sluiten de 7,5 km deelnemers aan bij de 21,1 km en wordt er in één lint van hardlopers naar de finish op het Martiniplein in Sneek gelopen.